Nicht Windows deinstalliert unvollständig - sondern die Ersteller der Deinstallationsroutinen! Denn alleine die geben an, was entfernt werden soll und bedienen sich lediglich am Windows Deinstaller, damit sie keine eigenen Programme mitliefern müssen. Und weil das oft recht einfach gestrickt wird, vergisst der eine oder andere dann schon mal explizit Adminrechte anzuforden. Was dazu führt, dass in C:\Progamme und C:\ProgramData keine Ordner und Dateien gelöscht werden können. Denn in C:\Programme und in C:\ProgramData hat man nur dann die entsprechenden Rechte, wenn man sie sich extra holt. Das kann ein Programmierer für sein Programm schon von vornherein festlegen, dann kommt bei jedem Start dieses Programmes der UAC Dialog. Mancher tut dies auch brav für die Installation seines Programmes, unterlässt das aber für die Deinstallation. Schon bleiben Ordner und Dateien unangetastet, weil die entsprechenden Rechte zum Löschen fehlten.
Vernünftige Deinstaller löschen deshalb auch nicht zuviel. Sondern sie entfernen exakt das, was bei der Installation auch auf die Festplatten und in die Registry kam. Aber eben nur dann, wenn sie die Installation auch aufzeichnen konnten. Andernfalls führen sie, wie Windows auch, lediglich den Uninstallstring des vorhandenen Deinstallationseintrages aus, tun dies aber dann meist automatisch mit erhöhten Rechten, so dass auch in C:\Programme und C:\ProgramData die zugehörigen Ordner und Dateien entfernt werden können.
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Es wird also von den Deinstallern niemals auf Verdacht gelöscht, sondern es werden Dinge entfernt, die sicher durch die Programminstallation auf die Festplatte kam - oder was die Deinstallationsroutine des Herstellers vorgibt. Der kann dann allerdings auch schon mal vorsehen, dass eine von ihm installierte VC++ Runtime entfernt wird - obwohl andere Programme diese auch nutzen. Allerding es gibts meines Wissens auch keine Möglichkeit festzustellen, welche Programme aktuell auf die VC++ Runtimes angewiesen sind. Von daher ist es auch das völlig legitim, wenn ein Programm von ihm installierte Runtimes auch wieder entfernt, wenn man es deinstalliert. Anders herum finde ich es schlimmer, denn man entfernt sämtliche Ordner, Dateien und Registryeinräge wenn man sein Programm wieder entfernt.